Op de Stripdagen (en in de aanloop daarnaartoe) worden verschillende prijzen uitgereikt:

• De VPRO Grand Prix
  Deze prijs, voor een internationale stripmaker ‘op de top van zijn kunnen’, wordt uitgereikt op vrijdag 2 juni in de Toneelschuur. De genomineerden: Larcenet, Lax en Satrapi zijn inmiddels bekend! De winnaar krijgt 2.000 euro en wordt gastcurator op de volgende editie. De winnaar in 2004 was Lewis Trondheim.
• De VPRO Debuutsprijs
  Deze prijs voor een veelbelovende jonge Nederlandse tekenaar werd uitgereikt op 11 maart in Paradiso. De roem, alsmede 1.000 euro werden door Flo in de wacht gesleept!
• De International Clickburg Webcomic Awards (’Clickies’)
  Drie prijzen voor de beste strips op internet: Epic Clickie Benelux, Humor Clickie Benelux en International Clickie. Ze worden zaterdag 3 juni uitgereikt op het podium op de Grote Markt. De vijftien genomineerden zijn bekend!
• De StripPersPrijzen
  Striprecensenten uit Vlaanderen en Nederland kiezen de beste ‘alternatieve/literaire’ strip en de beste ‘populaire/traditionele’ strip. De prijzen worden zondag 4 juni uitgereikt op het podium op de Grote Markt. Vorig jaar won in de literaire categorie ‘Een Deken van Sneeuw’ (Craig Thompson), en in de populair(der)e categorie won het tweeluik ‘Over de grenzen van de tijd’ (Pont/Abolin).